Архитектура этого редкого произведения местной енисейской школы, отличаясь некоторой несогласованностью и суховатой трактовкой применяемых форм, отражает общий стилистический кризис сибирского зодчества в конце 18 в.
Основной объём каменных восточных ворот монастыря с надвратной церковью и фланкирующими двухэтажными палатками был закончен «наружным строением» в 1796 г. (по другим известиям в 1790 или 1795 г.) «иждивением» архангельского купца Дмитрия Лобанова. Освящение церкви состоялось только в 1822 г., после достроек, выполненных «усердием некоторых енисейских чиновников и граждан и иркутского купца Александра Свешникова — родственника Лобанову». В 1855—1859 гг. «усердием» потомственного почётного и степенного гражданина г. Енисейска А.С. Баландина в дополнение к основному объёму были возведены окружающие храм закрытые галереи с двумя приделами. Сильно обгоревшая в пожар 1869 г. церковь была восстановлена в прежнем виде в 1875 г.
Объём ворот был несколько вытянут в продольном направлении; возвышавшийся над ним «кубический» объём храма сдвинут к западу, а трёхгранная алтарная апсида выступала в одну плоскость с восточным фасадом ворот. Этот фасад с проездной аркой, выходящий в линию монастырской ограды, расширялся (на одну оконную ось в каждую сторону) пристроенными боковыми двухэтажными палатками, длина и высота которых равнялась длине и высоте объёма ворот.
Надвратная церковь относилась к типу «малый восьмерик на четверике»; световой барабан с главкой на восьмигранной шейке стоял на сомкнутом своде перекрытия, рёбра которого расшивались треугольными лотками, несущими диагональные грани восьмерика. Железная крыша храма имела вид восьмилоткового купола с диагональными фигурными люкарнами, фасады четверика завершались трёхлопастными полуглавиями. Ещё одна главка, на двухъярусном барабане, возвышалась над алтарной апсидой.
Палатки в верхнем этаже перекрывались коробовыми сводами, междуэтажное перекрытие было деревянным, балочным. Храм освещался четырьмя арочными окнами боковых фасадов и тремя круглыми окнами второго света, расположенными под полуглавиями; три окна освещали алтарь. Ко входу в храм (с запада) вела деревянная крытая двухмаршевая лестница с промежуточной площадкой перед дверью во второй этаж южной (жилой) палатки. В северной палатке, служившей кладовой, имелась внутренняя лестница (возможно, приставная).
Четверик храма, равно как и объём ворот и палаток, увенчивался суховатым профилированным карнизом, изгибающимся по полуглавиям. Углы постройки в обоих ярусах были оформлены лопатками; более широкие лопатки выделяли объём ворот на восточном и западном фасадах. Лопатки расчленялись поребриками и были украшены ширинками, киотцами и фигурными филёнками. Рёбра восьмерика и барабанов под обеими главками были обработаны волютами. Заглублённые окна храма и второго этажа палаток обрамлялись профилированными тягами сложных очертаний — со скруглёнными верхними углами, прямоугольными выступами по сторонам, в замке и в нижних углах и с полукруглым подвышением, врезанным в венчающий карниз. Круглые окна имели простые валиковые обводы. Проездная арка ворот была украшена крупными встречными завитками, узорной фигурой и двумя круглыми медальонами над проёмом, — эту декоративную композицию увенчивал большой киот с треугольным завершением.