Женский Христорождественский монастырь (поначалу небольшой скит, состоящий из нескольких келий) основан в 1623 г. к востоку от Енисейского острога, за речкой Толчеёй, при впадении в неё Абалацкой; впоследствии мимо монастыря пролегла дорога на Красноярск. Первой игуменьей была Параскева Племянникова из Новгорода. В 1673 г. в монастыре сгорела деревянная церковь и была выстроена новая — во имя Владимирской Богоматери. В 1755 г. на средства енисейских купцов М.И. Веретнова, П.Б. Щукина, И.Ф. и А.И. Скорняковых начата постройка каменной соборной церкви Рождества Христова. Строительством руководил присланный из Далматова Успенского монастыря тобольский мещанин И.Д. Стахиев (Иоакинф Денисов), которому было предписано, помимо «уставы церковного каменного строения», обучить своему мастерству «из тамошних монастырских». В 1758 г. постройка церкви с северным приделом Рождества Богоматери была, в основном, завершена. В 1778 г. отстроен «верхний» северный Владимирский придел, в 1822-1826 гг. — «нижний» и «верхний» южные приделы (Никитский и Петропавловский), возведённые на средства енисейского мещанина Н.В. Коренева и купца М.Ф. Хороших. (Тот же Коренев в 1830 г. поставил в главном храме металлический иконостас.) К этому времени окончательно сложилась продольная трёхчастная композиция церкви: храм, увенчанный малым восьмериком, широтно скомпонованная двухэтажная трапезная с возвышающимися над нею объёмами фланкирующих приделов и шатровая колокольня.
В результате регулярной перепланировки города, начавшейся в последней четверти 18 в., территория монастыря приобрела форму почти правильного прямоугольника, ограниченного с севера и юга Лазаревской и Большой улицами, с запада Береговой, а с востока Никольским переулком. Рождественская церковь стояла над устьем Толчеи, у западной границы этого прямоугольника, сдвинутая несколько к югу от его продольной оси. В 1814 г. был выстроен каменный дом для «служителей» в юго-западном углу монастырской территории, в 1822 г. начата постройка каменного здания «дополнительных келий», превращенного затем в настоятельский корпус, — к востоку от церкви. В 1824-1829 гг. по проекту губернского архитектора Воцкого сооружена каменная ограда монастыря с шатровыми башенками на углах. Несколько позже — возможно, после пожара 1835 г., уничтожившего деревянные монастырские постройки, — в северо-западном углу появился каменный корпус братских келий. Два каменных здания зафиксировали симметричный западный фасад монастырского ансамбля с церковью посередине, ориентированный в сторону речки Мельничной, тогда как третье — настоятельский корпус — развивало его продольноосную ориентацию параллельно Большой улице.
В 1868 г. многолетняя тяжба между монастырём и прихожанами Рождественской церкви, начавшаяся в 1799 г., закончилась разделом монастырской территории и отводом церкви приходу. Пострадавшая при пожаре 1869 г., она восстанавливалась на средства купца Щукина до 1879 г.; иконостас для нового Никольского придела был выполнен мастером Барышевцевым, иконы написаны Бутусиным. В 1871-1872 гг. монастырём была выстроена новая каменная церковь, во имя Иверской Богоматери, на углу Большой улицы и Никольского переулка, и сам монастырь с этого времени получил наименование Иверского. Наконец, в 1892 г. к северу от Рождественской церкви была выстроена каменная часовня в «русском стиле», соимённая погребённому в монастырской ограде (1843) старцу Даниилу.
В 17 и 18 веках монастырь использовался как место заключения, с применением пыток и казней. В тюремном отделении содержались члены семьи боярина М. Пушкина, Прасковья Салтыкова — племянница воеводы и впоследствии супруга Иоанна Алексеевича, Швейковская — невеста гетмана Самойловича, Мария Волынская — дочь казненного министра, и др. С 1810 г. при монастыре существовала богадельня, устроенная купцом М.Ф. Хороших. В 1865 г. было открыто женское училище с преподаванием рукоделия, скоро приобретшее широкую известность своими изделиями. В 1888 г. училище было преобразовано в церковно-приходскую школу. Сохранившиеся монастырские постройки — настоятельский и братский корпуса и здание Иверской церкви — не представляют целостного архитектурного ансамбля: широко разбросанные и отделённые друг от друга новой застройкой, они являются, скорее, самостоятельными памятниками архитектуры.