Памятник переходного периода, отражает начавшееся приобщение сибирского зодчества к общим стилистическим тенденциям русской архитектуры (своеобразие сибирского барокко сохраняется только в форме оконных обрамлений). Выделяясь возвышенным местоположением, служит крайней западной доминантой в панораме города.
В 1747 г., с началом постройки каменной Преображенской церкви около гостиного двора, деревянную Знаменскую церковь, на месте которой она строилась, перенесли за пределы Енисейска, на городское кладбище, расположенное на возвышенности по Ачинскому тракту. К концу 18 в., когда вся местность вокруг кладбища была уже заселена и превратилась в «нагорную» часть города, возникло новое кладбище (Севастьяновское), дальше к юго-западу, а бывшая кладбищенская церковь стала функционировать как приходская. Тогда же енисейскими купцами Е.С. и П.С. Трескиными была начата постройка каменной церкви. Нижний храм, Успенский, был освящён в 1799 г., верхний, Петропавловский, — в 1818 г. В 1824 г. к церкви пристроено крыльцо. В 1827-1843 гг. купцы и потомственные почётные граждане Енисейска А.Г. и А.А. Кобычевы сооружают с северной стороны двухэтажную пристройку с приделами Александра Невского и иркутского святителя Иннокентия. В 1874 г. вокруг церкви возведена новая каменная ограда с железными решётками в столбах и «с двойными на западной стороне железными створными воротами, а между ними каменною кладовою».
Кирпичная двухэтажная церковь выстроена «кораблём»: храм с полукруглой алтарной апсидой, трапезная и колокольня вытянуты по одной оси в общих линиях боковых фасадов. С севера, во всю длину храма и трапезной, примыкает двухэтажная пристройка приделов. Перекрытие и венчающая часть верхнего двусветного храма не сохранились. Судя по старым фотографиям, трёхосные фасады четверика завершались фигурными фронтонами с лучковым подвышением и круглой люкарной, а также диагональными фронтонами в виде кокошников, над которыми возвышались боковые главы на тонких световых барабанах (по-видимому, сводчатое перекрытие имело восемь распалубок); барабан центральной главы был приподнят невысоким трибуном. Ещё одна глава, также утраченная, стояла над апсидой. Небольшая трапезная в две оконные оси по фасадам перекрыта коробовым сводом. Четырёхъярусная колокольня, восьмигранная в двух верхних ярусах, завершена куполом на широких арках звона; венчающая главка заменена шпилем.
Оштукатуренные и побелённые фасады увенчаны профилированным карнизом, междуярусное членение выполнено мощным поясом по отливу. Углы обработаны плоскими лопатками. Арочные окна обрамлены тонкими рельефными узорами, выделенными окраской и несколько смягчающими строгий лаконизм наружной отделки фасадов.
Кытманов А.И. Указ. соч. Л. 104, 639; Гнедовский Б.В., Добровольская Э.Д. Указ. соч. С.45-46; Гринберг Ю.И., Шумов К.Ю. Енисейск (памятники архитектуры XVIII века) // Памятники истории и культуры Красноярского края. Красноярск, 1989. Вып.1. С.101-103; ИИМК. Архив. P.III. Ед. хр. 1376; ГАКК. Ф.812. Оп.1. Ед. хр. 68, 481, 522, 523, 761, 878; ЕГКМ. Фонды. Папка 5. Ед. хр. 4022/12; Папка 6. Ед. хр. 3536.