Около 1769 г. младший Штенгель был зачислен на должность архитектора (Baumeister) при управлении княжества Нассау-Саарбрюккен. С 1770 г. он находился при строительстве церкви Св. Людвига в Саарбрюккене, сооружавшейся по проекту и под наблюдением его отца. В те же годы Штенгель принимал участие в строительстве других церквей по проекту отца — в Югенхайме и Берге. В 1-й пол. 1770-х гг. Иоганн Фридрих начал выполнять и небольшие самостоятельные работы (например, завершение башни католической церкви в Пюттингене, 1771 г.).
Самой значительной работой Штенгеля в короткий германский период его деятельности был проект протестантской церкви в Нидерлинксвайлере, утвержденный консисторией 25 декабря 1774 г. Здание строилось под надзором другого архитектора (Иоганна Германа Йозефа фон Вальднера) и было завершено осенью 1775 г. (освящено 19 ноября), когда Штенгель находился уже в России. Церковь характерна для протестантской архитектуры западных земель Германии своего времени и близка целому ряду храмов, построенных по проекту Штенгеля-старшего в частности, в Югенхайме и Берге), в сооружении которых принимал участие Иоганн Фридрих. Она принадлежит к тину Qucrkirche — прямоугольной в плане зальной церкви с поперечной ориентацией внутреннего пространства. В основе этого тина лежит один из вариантов протестантских церквей, разработанный архитектором-теоретиком Леонардом Штурмом (впервые опубликован в 1712 г.). Храм, построенный но проекту Штенгеля, отличается простейшей объёмной композицией с прямоугольным планом и крутой пальмовой кровлей. Необычное для Qucrkirche расположение башни у западного торца объясняется включением в новую постройку колокольни предшествующего средневекового храма (в 1830 г. она была заменена ныне существующей). Основную ось поперечно ориентированного внутреннего пространства фиксирует вход в середине продольной южной стены и находящиеся напротив у северной стены алтарь и кафедра — два главных элемента в интерьере любой протестантской церкви. Первоначально алтарь и расположенная над ним кафедра составляли единую композицию — так называемый Kanzelaltar, широко распространённый в лютеранской архитектуре Германии 18 в. В объемной композиции поперечную ось поддерживает квадратная сакристия, выступающая в центре северного фасада. Очевидно, по замыслу Штенгеля сакристия должна была служить основанием для верхних ярусов башни — в соответствии с обычной структурой Querkirche.
Внешний вид церкви в Нидерлинксвайлере отвечает традиционному сдержанному, даже суровому облику молитвенного дома сельской протестантской общины. Фасады отличаются чёткой и ясной тектоникой, наружный декор предельно лаконичен и плоскостен. Углы объёма подчёркнуты широкими лизенами, высокие прямоугольные окна с чугь выявленными лучковыми перемычками обведены рамочными наличниками. Так же просто оформлены входы на южном и восточном фасадах, но их обрамление но вертикали связано с филёнкой, почти достигающей нижнего края расположенного над входом окна. Такая композиция является крайне упрощенным вариантом мотива, который с блеском был применён старшим Штенгелем в церкви Св. Людвига в Саарбрюккене.
В целом, несмотря на отмеченную сдержанность художественных форм, церковь в Нидерлинксвайлере стилистически принадлежит к тому же кругу памятников, что и произведения старшего Штенгеля. Другими словами, наиболее значительная из немецких построек Ф. Ф. Штенгеля тяготеет к школе позднего барокко и рококо среднерейнских и саарских земель Германии довольно широкого хронологического диапазона (от 1730-х до 1770-х гг.), которая испытывала сильное влияние современной французской архитектуры.